En Nebaj, Cotzal y Chajul, el Ejercitó ejecutó a 1,771 ixiles, entre ellos niños, mujeres, hombres y ancianos. Las tácticas militares además hicieron que la gente huyera hacia las montañas provocando que muchos murieran de hambre.
La violencia sexual, la tortura y las desapariciones de sus familiares fueron otros crímenes cometidos contra el pueblo ixil que fue considerado por los militares como el enemigo interno que debía ser destruido. Distintos militares han enfrentado a la justicia. Entre ellos Ríos Montt, José Rodríguez Sánchez y Luis Enrique Mendoza García.